Установлен приказом главнокомандующего ВМФ РФ в июле 1996 года.
18 мая 1703 года гребная флотилия с солдатами Преображенского и Семёновского полков под командованием Петра I одержала первую боевую победу, захватив в устье Невы два шведских военных судна.
Сегодня Балтийский флот — оперативно-стратегическое объединение ВМФ РФ на Балтийском море. Основные пункты его базирования — Балтийск (Калининградская область) и Кронштадт (Ленинградская область). В его состав входит дивизия надводных кораблей, бригада дизельных подводных лодок, соединения вспомогательных, учебных и поисково-спасательных судов, ВВС флота, береговые войска, части тылового, технического и специального обеспечения.

Командующий Балтийским флотом — адмирал Александр Носатов.